Если младенца зарегистрировать под фамилией его матери, не повлияет ли это негативно на его судьбу?

Фамилия накладывает некоторый отпечаток на будущую судьбу, потому резонно оценить варианты фамилий с точки зрения того, представители какой фамилии в общем и целом были более счастливы, здоровы, удачливы, успешны. Ориентируясь на историю рода, можно дать ребенку более "перспективную" фамилию. А материнской или отцовской она окажется, не важно.