Я предполагаю, что 16 лет назад, когда крестили моего старшего сына, у крестной матери были месячные. Тогда этих нюансов не знали. Сейчас она утверждает, что у нее все было в порядке. Что делать, если у меня есть сомнения на этот счет?

Проверить сейчас, верны ли Ваши сомнения, весьма проблематично. Остается лишь ориентироваться на наличие или отсутствие наиболее выраженного признака того, что у крестной были месячные во время ритуала крещения: у ребенка появляется стойкое кожное заболевание (угревая болезнь, экзема или псориаз), не поддающееся медицинскому лечению.